PENGKLASTERAN PASIEN KANKER LEUKEMIA BERDASARKAN DATA EKSPRESI GEN DENGAN MENGGUNAKAN DEKOMPOSISI NILAI SINGULAR
Keywords:
Data microarray, leukemia, bi-clustering, dekomposisi nilai singularAbstract
Informasi yang terkandung di dalam rangkaian molekular Deo- xyribonucleic acid (DNA) makhluk hidup dapat diketahui melalui teknologi microarray. Data microarray menyajikan data tingkat ekspresi gen yang umumnya berukuran besar. Satu sampel pada data microarray bisa memiliki ribuan atau puluhan ribu gen. Pada penelitian ini diolah data pasien kanker darah (leukemia) yang berukuran 500032dengan entri tak negatif. Data microarray pasien leukemia dapat diolah dengan menggunakan Dekomposisi Nilai Singular sedemikian sehingga sampel yang memiliki sifat yang sama dikelompokkan dalam satu kelompok. Dekomposisi Nilai Singular digunakan untuk mengelompokkan data dengan dua macam keragaman (bi-clustering), yaitu menggunakan nilai vektor singular kedua dan ketiga. Dari implementasi pada data, pasien kanker dapat dikelompokkan menjadi penyakit AML, dan ALL beserta sub tipe penyakit ALL, yakni ALL-T dan ALL-B.
Downloads
References
Brazma, Alvis, Helen P., Thomas S., Mohammadreza S., A quick introduction to elements of biology - cells, molecules, genes, functional genomics, microarrays, European ioinformatics Institute, on-line tutorial di www.ebi.ac.uk/microarray/biology intro.html, 2001.
Brazma, Alvis. and Jaak Vilo, Gene Expression Data Analysis,
Federation of European Biochemical Scieties:480. p. 17-24, 2000.
Brown, Patrick O. and David Botsteins, . Exploring the new
world of the genome with DNA microarrays, Nature genetics supplement: 21, p. 33-37, 1999.
Brunet, JP., Pablo Tamayo, T.R. Golub, and J.P. Mesirov, Metagenes and Molecular Pattern Discovery Using Matrix Factorization., Procidings of The National Academy of Sciences: 101. p. 4164-4169, 2004
Chandrasoma, P, Taylor, Clive R., Ringkasan Patologi Anatomi, Edisi ke-2. Jakarta:EGC, 2005.
Cheung, Vivian G , Michael Morley, Francisco Aguilar,
Aldo Massimi,Raju Kucherlapati and Geoffrey Childs, Making
and reading microarrays, Nature genetics supplement: 21, p. 1519, 1999
Rahmalia, A, Novianti R., At a Glance Medicine, Jakarta: Erlangga., 2006.
Setiawan, L,Kapita Selekta Hematologi, Edisi Keempat. Jakarta: EGC, 2005.
